Поскольку вирус Tomato Brown Rugose Fruit Virus поражает растения томатов и перца по всему миру, компании по производству семян работают над выведением устойчивых помидоров.
Богатые генетические и геномные ресурсы были доступны селекционерам томатов еще до начала проектов по геномному секвенированию томатов. Большие коллекции зародышевой плазмы томатов уже давно созданы в нескольких местах. В генных банках по всему миру сохранено более 75,000 XNUMX образцов томатов. Одним из крупнейших является генбанк USDA в Женеве, штат Нью-Йорк.
Секвенирование генома томата было начато в 2005 году в рамках многонациональных усилий 14 стран и завершено в 2012 году. Эти усилия были значительно ускорены благодаря применению искусственного интеллекта, машинного обучения и передовых алгоритмов для анализа больших объемов генетических и фенотипических данных.
Пангеном томата
Исследователи из Института Бойса Томпсона в 2020 году создали высококачественный эталонный геном для диких помидоров, чтобы получить более полный и полезный пангеном томатов. Они обнаружили участки генома, которые лежат в основе вкуса, размера и созревания фруктов, стрессоустойчивости и устойчивости к болезням. Отчасти благодаря передовым технологиям секвенирования, которые могут считывать очень длинные фрагменты ДНК, эталонный геном является более полным и точным, чем существующая база данных.
Старые технологии секвенирования, считывающие более короткие фрагменты ДНК, выявляют мутации на уровне одного основания. Однако они не умеют находить структурные варианты, такие как вставки, делеции, инверсии или дупликации больших фрагментов ДНК.
В 2019 году международная группа исследователей построила пангеном томата, используя последовательности генома 725 филогенетически и географически репрезентативных сортов. Эта база данных включает 4,873 гена, которых нет в исходном эталонном геноме. Анализ наличия / отсутствия вариаций выявил значительную потерю генов и интенсивный отрицательный отбор генов и промоторов во время одомашнивания и улучшения томатов.
Прочтите всю статью на сайте www.seedworld.com.